直线职能型组织结构的主要问题一般是由于管理职能分配在直接管理之外的“参谋”位置，导致在管理过程中管理职能经常不能有效的发挥和行使应有的管理作用。在实际管理实践中，这种“结构”性的“缺点”确实存在。但是，根本上还是来自人，来自人的主观管理意识对管理协同的影响。即人决定了这种“结构”性“缺点”的影响程度。