不一样，《员工手册》是通用的，是针对全体员工的泛则，涵盖企业的各个方面；《管理制度》是具体细化到部门内部的，它们之前不冲突、不矛盾，可以把员工工作需要被告知的，需要遵守的内容放到《员工手册》中，部门内部的具体规定、操作流程、工作标准等可以在《管理制度》中体现。