1、职工自身疾病引起的住院，公司无任何责任。2、公司应当为员工缴纳社保，员工在住院时可以享受医保待遇，因为公司未缴纳社保，应当由医保报销的费用，要公司来承担，也是因此，你们才与家属签订了居民医保协议。如果居民医保与职工医保有差额，公司应当承担的是职工医保的差额部分，这是理应由公司承担的费用。至于垫付问题，法律上并无规定应当由公司垫付，即使是侵权责任中，法律也没有关于垫付的规定，既然你们已经垫付了，就需要解决向后的多出的费用问题，如果和家属协商不成，可以采用法律途径。