特种作业证应该是从事相关工作必备的证书吧，如果是岗位必备证书签订培训协议有不妥之处，按理讲应该是应聘时就持证的。根据你的情况，我觉得新老制度是否可以这样理解：1、老制度：鉴于岗位的特殊性及相关机构对从事该岗位人员的硬性要求，员工要来从事这个工作，就必须持有证书，所以取证费用应该个人承担，职工在企业工作期间，企业持有职工的证书以便相关行业主管部门检查，当职工离职时企业将证书还给员工即可。2、2012年新制度：鉴于岗位的特殊性及相关机构对从事该岗位人员的硬性要求，企业由直接招聘持有证书员工改为企业统一出资组织职工到相关机构考取证书，同时双方签订培训协议，只要员工服役期满，离职时无需向企业支付费用，企业将证书退还职工；若职工未达服役期离职的，按比例向企业退还相应费用，企业退还相应证书。好像顺着这个解释就通了，08年自行出资取证的员工，企业无需向其支付费用，仅需将证书退还员工即可。