个人独资企业的个税是5-35%的5级超额累进税率，如果有个税存在，是由公司代缴(已经从员工工资里扣除)，是去所在地税务局(地方税务局)申报，大致程序:(月报)预缴个人所得税，向当地税务机关递交《个人独资企业和合伙投资者个人所得税申报表》，并附送会计报表。(年报)年度终了30日内，投资者应向主管地方税务局递交《个人独资企业和合伙投资者个人所得税申报表》，并附送年度会计决算报表和预缴个人所得税纳税凭证。对于个人独资企业如何缴纳个人所得税的问题，需要全面了解这个方面的系列文件:1、《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》(国发2000[16]号)2、财政部国家税务总局关于印发《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》的通知(财税[2000]91号)3、财政部国家税务总局《关于调整个体工商户个人独资企业和合伙企业个人所得税税前扣除标准有关问题的通知》(财税[2008]65号)一、对个体工商户业主、个人独资企业和合伙企业投资者的生产经营所得依法计征个人所得税时，个体工商户业主、个人独资企业和合伙企业投资者本人的费用扣除标准统一确定为24000元/年(2000元/月)。此条款将自2011年9月1日起失效。4、《全国人民代表大会常务委员会关于修改〈中华人民共和国个人所得税法〉的决定》(中华人民共和国主席令第四十八号)此令将自2011年9月1日起施行。5、《国家税务总局关于贯彻执行修改后的个人所得税法有关问题的公告》(2011年第46号)《中华人民共和国个人所得税法》第六条规定，对企事业单位的承包经营、承租经营所得，以每一纳税年度的收入总额，减除必要费用后的余额，为应纳税所得额。条例规定，《中华人民共和国个人所得税法》第六条中所说每一纳税年度的收入总额，是指纳税义务人按照承包经营、承租经营合同规定分得的经营利润和工资、薪金性质的所得;所说的减除必要费用，是指按月减除3500元。个人所得税的征收方式视财务核算情况有两种:1、财务核算健全:查账征收;2、符合核定征收条件之一的:核定征收