应该是六月份以后发经理的工资，

生效期发文写明了是6月1日的话，那么6月工资就按照经理发，你们是按照考勤本月发上月工资么？如果员工明确认可这条规定那么就和他说清楚7月按照6月考勤发经理工资，6月还是主管。不过是否真有这个必要卡人家工资，你要考虑是否和领导沟通一下，帮他争取6月就按照经理发，送个人情也不错。