1、首先看签订的劳动合同、集体合同中有没有相关的规定，如果有从其约定。2、根据公司的绩效考核制度来衡量，绩效工资应该是与绩效考核结果挂钩的，在考核期内，有没有因为年休假而影响考核结果，如果没有，那就不应该扣发绩效工资。